Itämeren pohjaeläimistön lajikoostumukseen vaikuttaa monta tekijää. Koska Itämeri on geologisesti nuori meri, siellä ei ole ehtinyt kehittyä varsinaisia murtovesilajeja. Itämeren lajisto onkin peräisin joko valtameristä tai makeista vesistä. Vain hyvin harvat lajit ovat sopeutuneet murtoveteen.
Itämeren pohjaelämistöön kuuluvat mm. simpukat, [[kotilot, nivelmadot, matomaiset lajit, äyriäiset, hyönteiset, sienieläimet sekä meiofaunaan kuuluvat eläimet.
Murtovesi on haasteellinen ympäristö eläimille
Itämeren vesi on murtovettä, joka on selvästi suolaista, mutta kuitenkin huomattavasti vähäsuolaisempaa kuin valtamerivesi (noin 33 ‰). Itämeressä suolaisuus vaihtelee lounaisosan 20 promillesta Suomenlahden ja Pohjanlahden perukoiden noin 1-2 promilleen.
Selkärangattomien eliöiden sisäisten nesteiden suolapitoisuus on yleensä kutakuinkin sama kuin niiden elinympäristössä. Jos suolaisen veden laji joutuu vähäsuolaisempaan ympäristöön, osmoosi pyrkii tasoittamaan eläimen ja sen ympäristön välisen suolaisuuseron. Tällöin eläimen solut turpoavat.
Vastaavasti makean veden lajien solut kutistuvat joutuessaan murtoveteen, sillä neste virtaa aina alhaisemmasta suolapitoisuudesta kohti vahvempaa liuosta.
Lajimäärän ja veden suolaisuuden yhteys käy ilmi, kun tarkastelemme Itämeren syvien pohjien eläimistöä. Arkonan altaassa, jossa suolapitoisuus on noin 20 ‰, makroskooppisia pohjaeläinlajeja on kymmeniä, jopa satoja. Suurin osa näistä on meren lajeja. Gotlannin altaassa keskisellä Itämerellä, jossa suolaisuus on vain 10-12 ‰, lajiluku ja meren lajien osuus ovat sen sijaan huomattavasti pienempiä. Perämeren perukoilla veden suolaisuus on syvänteissäkin korkeintaan 4 ‰, ja valtaosa eliöistä on makean veden lajeja.
Lajimäärän ohella mielenkiintoisia ovat myös yksilötiheys ja eri lajien osuudet yhteisössä. Eteläisellä Itämerellä yksittäisten lajien merkitys on selvästi pienempi kuin pohjoisessa. Varsinkin vähäsuolaisella Pohjanlahdella yksilötiheydet voivat olla hyvin suuria ja eläinyhteisöt voivat koostua lähes yksinomaan valkokatkasta.
Muut lajistoon vaikuttavat ympäristötekijät
Suolaisuuden lisäksi tärkeitä pohjaeläinten esiintymiseen vaikuttavia tekijöitä ovat muun muassa pohjan happiolosuhteet, sedimentin koostumus sekä muut veden ja sedimentin rajapinnan biogeokemialliset reaktiot.
Matalammissa, valoisissa rantavesissä kasvillisuus ja levät monipuolistavat huomattavasti pohjaeläinlajistoa tarjoamalla runsaasti ravintoa ja suojapaikkoja hyvin monenlaisille eläimille. Rannikkomme matalien rantojen pohjaeläinyhteisöissä saattaa olla parhaimmillaan muutama kymmentä eri eläinlajia.
