Pohja (Eliöyhteisö)
Merenpohjan tila sekä sen eliöstön koostumus kertovat meren yleisestä voinnista. Itämeren pohjat voivat paikoitellen, etenkin syvänteissä todella huonosti. Erityisesti Suomenlahti kärsii liiasta rehevöitymisestä ja pohjasedimenttiin on kerääntynyt paikoin ylen määrin orgaanista ainesta, jonka hajottamiseen ympäristön happi ei aina riitä. Pohjan olosuhteet vaihtelevat kuitenkin huomattavasti alueesta ja syvyysvyöhykkeestä riippuen. Rikkaimmat eliöyhteisöt löytyvät saaristovyöhykkeiltä sekä rannan ympäristöistä, kun taas avomeri on eliöyhteisöiltään köyhintä.
Pohjaeläimet kertovat meren tilasta
Pohjaeläimet ovat hyviä meren tilan indikaattoreita, koska ne ovat suhteellisen pitkäikäisiä ja reagoivat herkästi ympäristön muutoksiin. Ympäristön tila voi vaihdella merialueella hyvin paljon syvyydestä, halokliinin (eli suolakerrostuneisuuden) ja termokliinin (eli lämpökerrostuneisuuden) muodostamista tiheyseroista sekä niistä aiheutuvista veden sekoittumisominaisuuksista riippuen. Pohjan olosuhteisiin ja sen eliöstöön vaikuttavat monet fysikaaliset ja kemialliset sekä geologiset tekijät, joista tärkeimpiä ovat suolapitoisuus, happipitoisuus, sedimentin koostumus sekä lämpötila. Sedimentin koostumus voi vaihdella paljon pehmeästä (lieju-, savipohjasta), sekasedimentti-, sora- ja hiekkapohjiin sekä koviin pohjiin.
Eräät pohjaeläinlajit, kuten valkokatka (Monoporeia affinis) ja idänsydänsimpukka (Cerastoderma glaucum) ovat herkkiä ympäristön epäpuhtauksille ja häviävät ensimmäisinä, jos happiolosuhteet käyvät pohjalla huonoiksi. Jotkut lajit, kuten amerikansukasjalkainen ja surviaissääsken toukka ovat puolestaan kestäviä ympäristön saastumiselle ja voivat pysyttäytyä alueella, kunnes happiolosuhteet käyvät hyvin huonoiksi; amerikansukasjalkainen pystyy varastoimaan happea punasolujensa korkean hemoglobiinipitoisuuden ansiosta ja sietämään jopa lyhyitä hapettomia jaksoja.
Pohjan tyyppi vaikuttaa pohjaeliöstön rakenteeseen
Sedimentistä sekä muista elinympäristön ominaisuuksista riippuen, eri pohjilla eliöyhteisöjen rakenne vaihtelee. Osa pohjaeläimistä, kuten valkokatka (Monoporeia affinis), makkaramato (Halicryptus spinulosus) sekä amerikan monisukasjalkainen Marenzelleria ovat kaivautuvia pehmeän pohjan lajeja, jotkin lajit kuten hietasimpukka (Mya arenaria) viihtyvät hiekkapohjilla ja toiset lajit, kuten sinisimpukka (Mytilus trossulus) suosivat kovia pohjia. Lajien elinpaikkavalinta heijastaa erityisesti niiden ravinnonhankintatapoja sekä ravinnon koostumusta sekä niiden fysiologisia ominaisuuksia. Elinpaikan valintaan vaikuttavat myös bioottiset tekijät, kuten lajien välinen kilpailu elintilasta ja ravinnosta sekä saalistus. Lisäksi esimerkiksi vuosittainen vaihtelu lajien kolonisointi- ja lisääntymismenestyksessä vaikuttavat pohjaeläinkoostumukseen.