Pohjan sedimentissä tapahtuva denitrifikaatio on tärkein typpeä vesiekosysteemistä poistava prosessi.
Denitrifikaatiossa nitraattityppi muutetaan bakteerien toimesta kaasumaiseksi typeksi. Nitraatti on reaktiossa aivainasemassa, joten se ei voi tapahtua täysin hapettomassa ympäristössä. Jos happea on riittävästi, pystyvät sedimentin nitrifioivat bakteerit hapettamaan ammoniumtyppeä nitraatiksi.
Denitrifioivat bakteerit puolestaan muuttavat nitraattia typpikaasuksi. Typpikaasu kohoaa vähitellen ylös sedimentistä ja vedestä sekoittuen lopulta ilmakehän valtavaan typpivarantoon.
Denitrifikaation arvioidaan olevan Itämeressä lähes samaa suuruusluokkaa kuin jokivesien aiheuttama typpikuormitus tai sedimentaatiossa poistuva ainemäärä.
