Meiofauna on makrofaunaa pienempää eläimistöä, jota rutiiniseurannassa ei tutkita, vaan siinä käytetään seuloja, joiden läpi pienempi fauna huuhtoutuu pois. Pohjoisella Itämerellä esiintyviä meiofaunaryhmiä ovat etenkin raakkuäyriäiset (Ostracoda), hankajalkaisäyriäiset (Copepoda), harvasukasmadot sekä sukkulamadot (Nematoda). Myös varsinaisen makrofaunan nuoruusvaiheet ovat kokoluokaltaan meiofaunaa. Meiofaunan tiheydet saattavat olla valtavia ja niiden merkitys suuri aineiden kierrossa.
