Ammonifikaatiossa nitraatti pelkistetään bakteerien toimesta takaisin ammoniumtypeksi.
Kun pohjan sedimentin happipitoisuus on matala, eloperäisen aineksen hajotuksesta vapautunut ammoniumtyppi siirtyy takaisin veteen ja voi kulkeutua pintakerrokseen levien käyttöön.
