Halokliini on vyöhyke, jossa suolaisuus muuttuu paljon syvyyssuunnassa lyhyellä matkalla.
Itämeren vesi on murtovettä eli makean veden ja valtameren sekoitusta. Vesi on sitä tiheämpää, mitä suolaisempaa se on; suolaisin vesi on raskainta ja painuu pohjalle. Vesi kerrostuu suolaisuuden mukaan.
Halokliini on suolaisuuden harppauskerros, jossa suolaisuus muuttuu paljon lyhyellä matkalla. Se muodostaa ikäänkuin lattian, joka estää tuulta sekoittamasta pintavettä alusveteen. Suolaisuus muuttuu pintakerroksen lähes vakiosuolaisuudesta yhtäkkiä 50 - 80 m syvyydessä syvän veden suuremmaksi suolaisuudeksi.
Keväisin, veden lämmetessä, ja syksyisin, veden jäähtyessä, vesimassa sekoittuu pystysuuntaisesti vain halokliiniin asti. Halokliinin alapuolinen vesimassa voi uudistua vain Pohjanmereltä Itämereen työntyvien suolavesipulssien kautta.
Varsinaisen Itämeren vesi on pysyvästi suolaisuuskerrostunutta. Suomenlahdella suolaisuuskerrostuneisuus vaihtelee eri ajanjaksoina: suuren suolavesipulssin seurauksena kerrostuneisuus voimistuu. Pohjanlahdella ei ole selvää suolaisuuskerrostuneisuutta, koska Salpausselkien vedenalaiset jatkeet sekä matala Merenkurkku estävät syvänveden pääsyn keskusaltaasta Selkämerelle.
