Varesjoen valuma-alue on 3. jakovaiheen vesistöalue Kiskonjoki - Perniönjoki (24) -päävesistössä. Se on jaettu vesistöalueesta: Aneriojoen valuma-alue (24.07).
Vesistöalueen suurimmat järvet
- Varesjärvi (24.073.1.006) (158,75 ha)
- Säräjärvi (24.073.1.015) (32,66 ha)
- Ruukinjärvi (24.073.1.010) (21,22 ha)
- Riituksenjärvi (24.073.1.003) (19,53 ha)
- Tervakas (24.073.1.018) (12,51 ha)
- Iso-Kolasin (24.073.1.008) (7,99 ha)
- Pikku-Kolasin (24.073.1.009) (3,98 ha)
- Sakarjärvi (24.073.1.011) (3,74 ha)
- Kakarlampi (24.073.1.007) (3,73 ha)
- Musta-Kolasin (24.073.1.012) (3,4 ha)